Обеспечение санитарно-эпидемиологического благополучия населения является одним из основных условий реализации конституционных прав граждан на охрану здоровья и благоприятную окружающую среду.

15 сентября 1922 года с принятием Советом Народных Комиссаров РСФСР декрета «О санитарных органах республики» началась история Государственной санитарно-эпидемиологической службы России. Развитие и совершенствование госсанэпидслужбы России, которая неоднократно изменялась и реорганизовывалась, способствовали усилению государственного санитарного надзора, опирающегося на законодательную, нормативную базы и научные достижения.

В Новосибирской области организация службы связана с образованием в 1909 году санитарного отделения для осуществления в Новониколаевске санитарного надзора и дезинфекции.

Сегодня государственная санитарно-эпидемиологическая служба Новосибирской области занимает ведущее место в профилактическом здравоохранении. Обеспечивается стабильная санитарно-эпидемиологическая обстановка, не допускаются вспышки инфекционных заболеваний, огромное внимание уделяется гигиеническому воспитанию населения и пропаганде здорового образа жизни. Большое внимание уделяется подготовке профессиональных кадров в медицинских академиях.

Начиная с 2002 года, Государственная санитарно-эпидемиологическая служба в Новосибирской области была представлена 45 учреждениями, в том числе одним центром госсанэпиднадзора в Новосибирской области, тремя центрами госсанэпиднадзора в городах области, десятью центрами госсанэпиднадзора в городских районах, тридцатью центрами госсанэпиднадзора в районах области и одним Новосибирским областным центром дезинфекции.

2002 год для госсанэпидслужбы был ознаменован важнейшими событиями, связанными с решением вопросов обеспечения санэпидблагополучия населения.

Федеральное государственное учреждение «Центр гигиены и эпидемиологии в Новосибирской области» является федеральным государственным учреждением здравоохранения, обеспечивающим деятельность Управления Федеральной службы в Новосибирской области. Он создан на основании распоряжения Правительства Российской Федерации от 13 января 2005 года № 23-р путем слияния федеральных государственных учреждений — Центров Госсанэпиднадзора (всего реорганизовано 31 учреждение) и в настоящее время имеет 8 филиалов.